四方山：Gefährlich leben!

Niemand lernt, Niemand strebt danach, Niemand lehrt – die Einsamkeit ertragen.


Man muß noch Chaos in sich haben, um einen tanzenden Stern gebären zu können.


What is the seal of liberation? — No longer being ashamed in front of oneself.


Hat man sein warum? des Lebens, so verträgt man sich fast mit jedem wie?


Was mich nicht umbringt, macht mich stärker.


Du sollst der werden, der du bist.


There is in the world only one way, on which nobody can go,
except you.


- Friedrich Wilhelm Nietzsche

ドイツ語での出典がわからなかった言葉は英語表記。

論：DIRBによる鉄酸化物の還元に対するFe2+吸着阻害の実験的検証

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Effect of sorbed Fe(II) on the initial reduction kinetics of 6-line ferrihydrite and amorphous ferric phosphate by Shewanella putrefaciens
Hyacinthe, C., Bonneville, S., and Van Cappellen, P.  (2008) Geomicrob. J., 25, 181-192

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　Fe2+によるFe(III)還元阻害の影響を調べるために、鉄酸化物（6-line ferrihydriteとアモルファスのリン酸化鉄（以下FeP））と還元細菌のS. putrefaciensに対して事前にFe2+の吸着を行い、短時間の還元実験における還元速度をコントロール（吸着無し）と比較。

　還元速度にはほとんど違いが見られなかったことを報告。ただし、FePにおけるFe2+の吸着量がFePの表面サイトの最大吸着量に達する程度であった場合には還元速度がやや減少。この結果から筆者らはFe2+によるFe(III)還元の阻害は鉱物表面の吸着サイト全て、もしくは細菌の金属吸着サイトが全てFe2+で飽和した時のみ生じるのではないかと提唱。

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メモ:
　Liu et al. (2001) ES&TでS. putrefaciens strain CN32に対する同様の吸着実験が行われており、そちらではFe2+吸着によって還元速度への影響が報告されている（Fe2+濃度上昇が生じるまでに時間遅れが生じる）。LiuらはHyacintheらより1オーダー高い濃度のFe2+で24時間をかけて細胞に対する吸着を行う（Hyacintheらは2時間）。LiuらはFe(III)-citrate錯体を電子受容体として利用。

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本：差別語からはいる言語学入門

週末はいのちのおせんたく日和だったので、電車に乗ってぷらっとお散歩していました。
車内にて

差別語からはいる言語学入門　田中克彦著　ちくま学芸文庫

を読了。大変興味深く読みました。以下感想。

　著者は「差別語は使うべきではないが、単に臭いものに蓋をするように無視したり削除したりするのではなく、何故その言葉が差別語であるのかを考えることが必要ではないか」という立場で、いくつかの差別語に関する考察を紹介しています。差別語をなくすためにどうしたら良いか？という回答を得たいという方にはお薦めできません。この本では差別語は言語学的な研究対象であり、その善悪が問われているわけではありません。つまりは差別語に関する実践的な対応の仕方を目的として書かれた本ではなく、差別語の学術的な興味が綴られています。

　...とここまで前置きをして、むしろ後者に興味を持たれる方には是非お薦めです。差別語に関する新たな視点・洞察を得ることができるのではないかと思います。例えば、著書の最初の方で、「差別語の糾弾は初めて非エリートがエリート階級から言葉を奪取しようとした動きであった」との考察が紹介されているのですが、これはわたしにとっては大変新鮮で、差別語について新たな観点を得るものでした。素人意見で恐縮ですが、「生きた」言葉を扱う言語学は、生物学的であるなぁと感じつつ読み進めました。まずどちらも進化するものを対象とし、時にその過去の復元が難しい点。そして要素に還元しても言葉も生物もその機能としての意味をなさない点。

　以下は著書で最も好きな一文です。

　たいせつなことは、すこしでも、自分が十分なっとくのいかない説明や主張があったばあいには、なぜ、しっくりと理解できないかとよく考えてみることである。（143ページより抜粋）

　非道徳的である、倫理的でない、人が傷つくからやめろ、というのは、真っ当ですが、その意味を理解しない人を納得させられる言葉ではありません。わたしは異なるイデオロギーの人々を説き伏せることができる言葉が欲しい。

　また、著書の本筋とはずれますが、下記の一節に深く共感しました。

...人間は何か変わらないもの、変えようと思っても変えられないものを、アイデンティティなどといって、異常に重んじるという保守的な性質をもっている。アイデンティティほど、人間を不動のものにしばりつけて、精神の苦しみを与えるものは他にないのにである。（68ページ目より抜粋）

　知らぬ存ぜぬで自由になりたいことがたくさんあるのですが、人生、なかなか儘なりません。それでもできる限り自由になれたら！

それにしても紅葉綺麗でした。

研：セミナーの案内

*** セミナー時間が変更になりました！ ***

東大農学生命科学研究科土壌圏科学研究室の黒岩恵さんが11月25日（月）に共同研究打ち合わせで訪れてくれることとなり、折角なのでセミナーの依頼をしたところ快諾してくださいました。

インフォーマルなセミナーです、急なアナウンスとなりましたが、ご関心のあります方は是非お越しください。また、夜は近鉄奈良駅近くで懇親会を行う予定ですので、ご都合のよろしい方はどうぞご参加ください。

講演タイトル：「生態系機能とプレイヤーはつながるか」
講演者：黒岩恵 (東大農学生命科学研究科土壌圏科学研究室 D2)
日時：11月25日（月）10時〜 13時〜
場所：奈良女子大G棟303室

要旨：
　森林の生産性は一般に窒素の供給によって制限されてい ると考えられており、植物や微生物にとって主な窒素源で ある無機態窒素(アンモニウム(NH4+)および硝酸(NO3−))の 生成や消費プロセスは特に重要である。植物や微生物は一般的に土壌中で無機化によって生成する NH4+および硝化 によって生成する NO3−を利用する(図 1)。その一方で生成 した NO3−は容易に水系へと流出し、またガス態窒素へと還 元(脱窒)される (図 1;青矢印)。多量の NO3−の流出は水系の富栄養化を、また脱窒過程で放出される亜酸化窒素(N2O) や一酸化窒素(NO)は温暖化やオゾン層破壊、光化学オキシ ダント生成を引き起こす。したがってこれらの問題の低減と、健全な森林生態系の維持・ 管理のために、硝化はキーとなるプロセスであり、どのような要因によって制御されてい るのかを明らかにする必要がある(図 1)。しかし、硝化や他の窒素循環プロセスを含む土壌 中の物質変換や移動プロセスは地理的条件(気候・植生など)や地質的条件に強く影響され、 硝化の制御要因を一般化することは難しい。さらに、硝化は微生物による代謝反応であり、 硝化の制御メカニズムを明らかにする上で活性を担う微生物の生理特性を考慮する必要が ある。しかし森林土壌において、どの微生物群が硝化活性を担っているかはいまだ不明瞭 である。具体的には、硝化の第一段階である NH4+酸化は、これまで主に独立栄養性アンモ ニア酸化細菌(AOB)によって駆動されると考えられてきたが、これに加えて特に酸性森林土 壌では従属栄養細菌・糸状菌(Schimel et al. 1984 AEM)や近年発見されたアンモニア酸化 古細菌(AOA)の関与が示唆されている( Leininger et al. 2006, Nature)。また、これらの微 生物が窒素循環速度をどのように制御しているかについてはほとんど未解明であるのが現 状である。
　本発表では生態系における窒素フロー測定の背景と現状、またこのような生態系の「機 能」と「プレイヤー」の関係性をどのように検証していけば良いのかについて、近年の事 例をとりあげながら、物質循環および微生物生態学の視点から考察する。

研: phreeqc初心者のおべんきょう(1)

Fe2+のFe(III) oxideへの吸着を計算しなくてはいけないことになって、共同研究者から

「PHREEQCやMINTEQLなら異なるpH条件で様々なFe(III) oxideに対するFe2+の吸着量を計算できるから便利だよ」

と助言を受け、なるほどそうか、じゃあ良く聞くPHREEQC（ちなみに読み方はフリクシー、かわいい）を使ってみるか…と思い立ち、とりあえず覚えたことをメモ。
間違いなど教えていただけると嬉しいです。


1. とりあえずこちらからMacOS(Intel) batch versionをダウンロード


2. dmgをマウントするとphreeqc-2.x（わたしがダウンロードしたバージョンはphreeqc-2.18.3）フォルダがあるので、すきなところに保存


3. phreeqc-2.x直下のアップルスクリプトもしくはbin/phreeqcよりターミナルで起動。以下ターミナルでの利用。binにパスを通す。


4. とりあえずテスト。作業用フォルダを好きなところに作成して、作業用フォルダにphreeqc-2.x/examplesからex1とdatabaseからphreeqc.datをコピペ、作業用フォルダに移動後ターミナルよりphreeqcで起動

Name of input file?
ex1
Input file: ex1

Name of output file?
Default: ex1.out

Output file: ex1.out

Name of database file?
Default: phreeqc.dat

Database file: phreeqc.dat

と、ダイアログに沿って入力すると、ex1.outに結果が出力される。

ex1は海水中のUのスペシエーションの例で、まだ完全に理解していないですが


SOLUTION 1  SEAWATER FROM NORDSTROM ET AL. (1979)
# 以下は濃度などの設定
        units   ppm
        pH      8.22
        pe      8.451
        density 1.023
        temp    25.0
        redox   O(0)/O(-2)
        Ca              412.3
        Mg              1291.8
        Na              10768.0
        K               399.1
        Fe              0.002
        Mn              0.0002  pe
        Si              4.28
        Cl              19353.0
        Alkalinity      141.682 as HCO3
        S(6)            2712.0
        N(5)            0.29    gfw   62.0
        N(-3)           0.03    as    NH4
        U               3.3     ppb   N(5)/N(-3)
        O(0)            1.0     O2(g) -0.7
# ここまで濃度などの設定

# SOLUTION_MASTER_SPECIES: 元素名、主要な種の荷電状態を含む化学式、アルカリ度への寄与、化学式のグラム重量、元素のグラム重量

SOLUTION_MASTER_SPECIES
        U       U+4     0.0     238.0290     238.0290
        U(4)    U+4     0.0     238.0290
        U(5)    UO2+    0.0     238.0290
        U(6)    UO2+2   0.0     238.0290

# SOLUTION_SPECIES: 会合反応の反応式、平衡定数をlog_k、25度のときの反応エンタルピーをdelta_hで与える

SOLUTION_SPECIES
        #primary master species for U
        #is also secondary master species for U(4)
        U+4 = U+4
                log_k          0.0
        U+4 + 4 H2O = U(OH)4 + 4 H+
                log_k          -8.538
                delta_h        24.760 kcal
        U+4 + 5 H2O = U(OH)5- + 5 H+
                log_k          -13.147
                delta_h        27.580 kcal
        #secondary master species for U(5)
        U+4 + 2 H2O = UO2+ + 4 H+ + e-
                log_k          -6.432
                delta_h        31.130 kcal
        #secondary master species for U(6)
        U+4 + 2 H2O = UO2+2 + 4 H+ + 2 e-
                log_k          -9.217
                delta_h        34.430 kcal
        UO2+2 + H2O = UO2OH+ + H+
                log_k          -5.782
                delta_h        11.015 kcal
        2UO2+2 + 2H2O = (UO2)2(OH)2+2 + 2H+
                log_k          -5.626
                delta_h        -36.04 kcal
        3UO2+2 + 5H2O = (UO2)3(OH)5+ + 5H+
                log_k          -15.641
                delta_h        -44.27 kcal
        UO2+2 + CO3-2 = UO2CO3
                log_k          10.064
                delta_h        0.84 kcal
        UO2+2 + 2CO3-2 = UO2(CO3)2-2
                log_k          16.977
                delta_h        3.48 kcal
        UO2+2 + 3CO3-2 = UO2(CO3)3-4
                log_k          21.397
                delta_h        -8.78 kcal

# PHASES: 解離反応の化学式、平衡定数をlog_k、25度のときの反応エンタルピーをdelta_hで与える

PHASES
        Uraninite
        UO2 + 4 H+ = U+4 + 2 H2O
        log_k          -3.490
        delta_h        -18.630 kcal
END



Uの反応などはデータベース（phreeqc.dat）に含まれていないので、追加している。

あれ…これはもしや、attachment constantとかは自分で入力しなければいけないのだろうか…?それならパラメータがあれば自分でプログラム組む方が速いような...

とりあえず、ぼちぼちと試してみます。

本：思考の整理学

先週「つん読」していた本を読み終わったので、昨日は新しい書籍を購入しに大阪のジュンク堂へ。

数冊を補充し、昨日は

思考の整理学　外山滋比古著　ちくま文庫

を読了。東大・京大で５年間販売冊数第１位という帯に惹かれました。

しまった、これはもっと早く読んでおくべきだった。
そして大学生の皆さん、特にこれから卒論を書くことになる皆さん、是非読んでください。
この本には、卒論を書くとはどういうことか、卒論を書くためにどうすべきかの示唆がふんだんにちりばめられています。

以下わたしの心に止まったことを箇条書きにて

1 グライダーにエンジンを持たせる教育とは？
2 快活な頭の状態を意識的に作る（忘却することの大事さを含む）
3 １つのアイディアにとらわれすぎないこと
4 整理する、寝かせる、書く、話す
5 創造の芽を育てる

2-4は近年その重要性を痛感しており、自分なりに気をつけていたけれど、1と5は未だ難しく。

わたしの場合、4の「整理」のためのアイディアメモにはWunderlistを利用しており、「寝かせる・書く」のためには研究用雑記ノートと研究テーマ（プロジェクト）に特化したノートを作成、結果のまとめはLaTeXか場合によってはWordで、「話す」は近くに研究の話ができる方が少ないため（ぐすん）メールとEvernoteで行うことが多いです。

ノートに書くことが未だに好きなのは、「考える」「寝かせる」が一緒にできるからなのではないかと思う次第。

そういう理由から、わたしは講義中に板書を撮影することは不可としています。
何が大事か考えながら、自分なりにまとめてメモをすることのほうが重要ですよ。

四方山：清須会議

下田の出張が延期になったので（Iさんとそのご家族が早く元気になりますように！）、昨日は来週日曜日の女子中高生のための関西科学塾の講義資料の作成。中高生の皆さんを対象に二酸化炭素濃度上昇に伴う海洋酸性化のシミュレーションをします！

今日は放射性物質関連のお仕事を再開。そして久々に定時に大学を出て、清須会議を観てきてしまいました。今回は三谷さんがメガホンを取る初の時代物、さらには豪華な顔ぶれが出演とのことで楽しみにしていました。実際に楽しめました。三谷さんの作品はいつも人物間の駆け引きが絶妙ですが、今回も健在。役者の皆様も本当に素晴らしかったですが、個人的に小日向文世さん演じる丹羽長秀が一番素敵でした...！

三谷さんの映画作品に連なるテーマとして夢と挫折、仕事と責任が描かれているように感じており、活力をいただいております。

四方山：下田に出張してきます

昨日は鉄還元細菌による鉄還元動態のモデルのアイディアをまとめ、簡単なシミュレーション結果も添えて共同研究者に送るところまでなんとか終了（今週の目標にしていたので良かった良かった）。

忙しいときもすぐに返事をくれる人で、いつもポジティブなコメントをくれるのが嬉しい（今回の場合はvery nice!でした）。自分もそうありたいと思います...いや、思っているだけではいかんですね、そうせねば。

週末から火曜日まで共同研究の打ち合わせで筑波大学下田臨海実験センターに滞在してきます。ついにマンガン、ヒ素に関わる研究にも乗り出せるか？！（MnはCe anomalyの研究の時に少しだけ関わったけれど）あと、DOC関連のことも話し合えたらな...楽しみ！

四方山：今日は臨時休業日でした

...ということに大学に着いてから気がつきました。
学園祭中はサイエンスオープンラボにたくさんの皆様にお越しいただき、誠に有り難うございました！
情報科学科の催しへの来場者数は計679名でした。

今日はひたすら鉄還元細菌についての論文を読んでおりました。Fe(II)による還元の阻害とか、electron shuttle（日本語でなんと訳すのかしら？）とか、どう考えるべきかな...！

そして16時半からは高知大学の加藤元海さんによるセミナー、その後懇親会でした。

MathematicaでのStepwise変数選択（変数減少法のみ）

MathematicaでStepwise変数選択（変数減少法のみ）のプログラム作成してみました。

改良などご助言ありましたらご連絡いただけると嬉しいです。

AICやBICなどによる選択法のプログラムも作ったのですが、また次回にでも。

(* テスト用のデータ作成 *)

tmp = {RandomReal[{0, 20}, 40], RandomReal[{0, 20}, 40] , RandomReal[{0, 20}, 40],
   Table[0.5*x + RandomVariate[NormalDistribution[0, 1]], {x, 1, 40, 1}],  Table[1*x + RandomVariate[NormalDistribution[0, 1]], {x, 1, 40, 1}]};
data = {"x1", "x2", "x3", "x4", "y"};
data = Join[{data}, Transpose[tmp]];
data // TableForm

(* dataの最後のリストを従属変数として、他の変数を独立変数として重回帰し、結果をreslistに保存。推定されたパラメタに対するt検定のp値が全てcritを下回ったら終了（誤差項は除いています）。そうでなければ最大のp値が返されたパラメタを持つ独立変数を除き再度重回帰。独立変数の数が0になったら変数選択を終了。*)

crit = 0.2;
label = data[[1]];
df = Transpose[Drop[data, {1}]];
xlist = Table[Subscript[x, i] , {i, 1, Length[df] - 1}];
reslist = {}; tmplist = {};
While[Length[df] > 1,
 {
  data = Transpose[df];
  lm = LinearModelFit[data, xlist, xlist];
  AppendTo[reslist, lm];
  tmp = Drop[lm["ParameterTable"][[1]][[1]][[All, 5]], 2];
  AppendTo[tmplist, tmp];
  Print[label];
  If[Length[Select[tmp, # > crit &]] == 0, Break[]];
  remove = 1; maxP = -1;
  For[i = 1, i <= Length[tmp], i++,
   If[tmp[[i]] > maxP, {remove = i, maxP = tmp[[i]]}]];
  df = Delete[df, {remove}];
  label = Delete[label, {remove}];
  xlist = Delete[xlist, {remove}];
  }
 ]

(* ベストモデルの抽出 *)

Normal[Last[reslist]]
Last[reslist]["ParameterTable"]

論：微生物群衆の情報は窒素循環を知るためには役に立たない？

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Do we need to understand microbial communities to predict ecosystem function? A comparison of statistical models of nitrogen cycling processes
Graham et al. (2014) Soil Biol. Biochem., 68, 279-282

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微生物群衆の遺伝子存在量データを含む土壌多変量データに対して、硝化速度やN2Oフラックスを従属変数としてステップワイズ変数選択、重回帰分析を用い、微生物群衆データがない方がモデルの説明力が高いことを示した論文。

それで微生物群衆データの情報が窒素循環を知るためには有益でないとするのはちと乱暴すぎるのでは？
まず線形和だけで従属変数を説明できるとする考え方は仮定に過ぎないので、その仮定に基づいたら微生物群衆データ情報は役に立たないという結論になった、というだけの話だと思うのです。
非線形関係を考慮したらどうなるのか？という議論も必要。

統計モデルはプロセスを駆動するメカニズムを知るための指標を提示するものであって、統計モデルを構築することでメカニズムを理解することにはならないと考えます。

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大学：明日から学園祭、情報科サイエンスオープンラボは2日と3日開催です。

明日から奈良女子大学第62回恋都祭が開催です。

理学部情報科学科では今年もサイエンスオープンラボにて展示を行います。

今年は「おいでよバーチャルの森！」というテーマで、AR (Augmented reality: 拡張現実) や Kinectの技術を体験できる展示と、プログラミング体験講座が開催されます。

情報科の展示は2日と3日になります。お時間がありましたら是非お越しください！