System.out.println("Hello Daisyworld");: 3月 2013

2013年3月19日火曜日

備忘: 参加を考えている学会備忘録

参加が確定している学会

Goldschmidt 2013
Dates: August 25-30, 2013
Venue: Florence, Italy
Abstract submission deadline: April 12, 2013

2013年度日本地球化学会第60回年会
時期: 平成25年9月11日（木）〜13日（金）
会場: つくば大学
講演要旨登録締切: 固有セッション...7月17日、共通セッション...6月23日

The 21st International Symposium on Environmental Biogeochemistry
Dates: October 13-18, 2013
Venue: Wuhan, China
Abstract submission deadline: May 30, 2013

参加を迷っている学会

The Society for Mathematical Biology Annual Meeting and Conference 2013
Dates: June 10-13, 2013
Venue: Arizona, USA
Abstract submission deadline: Contributed talks ... April 1, Posters ... April, 15

参加したいけれどできそうにない学会

2013年度日本数理生物学会年会
時期: 平成25年9月10日（水）〜13日（金）のいずれかの3日間
会場: 静岡大学

数理生物学会と日本地球化学会また丸かぶってしまった。。
残念ですが、しばらくは日本地球化学会を取ります。そういう意味でも、SMB2013に参加しておくほうが良さそうだなと考えているところです。

久々のGoldschmidt conferenceとISEBアジア開催、楽しみだなぁ〜〜〜っっっ！！！ISEBは今年は中国開催なので、日本からの参加が多いと良いですね！

2013年3月15日金曜日

論: 嫌気好中性鉄酸化細菌によるバイオミネラリゼーション

Iron biomineralization by anaerobic neutrophilic iron-oxidizing bacteria
Miot J. et al. (2009) Geochimic. Cosmochimic. Acta, 73, 696-711

概要

　嫌気性かつ好中性で、硝酸還元/鉄酸化をおこなうAcidovorax sp. strain BoFeN1を培養し、生成された鉄酸化物の特徴を走査型電子顕微鏡(STXM)、透過型電子顕微鏡(TEM)などを用いて調べる。

　BoFeN1は3つの異なるタイプの鉄酸化物を沈殿することが観察された。それらは沈殿の形態・沈殿する場所によって特徴付けられる: (1) 細胞の周辺に直径約100 nmの鉄酸化物の球状体が繊維状に集合したタイプ。(2) 細胞表層を直径約100 nmの小球体として覆うタイプ。(3) ペリプラズム内に約40 nmの層として存在するタイプ。細胞内と細胞外の鉄酸化物はそれぞれ異なる有機分子と結合していることが観察された。細胞外の場合はexopolysaccharides (菌体外多糖)、細胞内の場合はタンパク質の一部であると見られた。時系列的な観測の結果、細胞での鉄の沈殿はまずアモルファス状のリン酸鉄としてペリプラズム内で生じ、その後コロイド状の鉄に富んだ小球体として細胞表層を覆った。また、細胞極において非対称な鉄酸化物の沈殿が生じていることが観察された。

　細胞付近にどのように鉄が存在しているのかを示すTEMとSTEMによる素敵写真が掲載されております。必見です。目で見るって大事ですよね、たくさんのイメージがわいてきます。使え、五感！モデルの研究の方でも面白い結果がではじめました。Mathematicaちゃんは可視化の面で役に立ってくれています。

　余談ですが、先に投稿していた論文、査読者が決まらないまま2ヶ月半放置されていたとかで。。長丁場な予感。

2013年3月13日水曜日

論: フミン質・有機コロイドが微生物学的鉄酸化/還元に与える影響

How does organic matter constrain the nature, size and availability of Fe nanoparticles for biological reduction?
Pédrot, M., Le Boudec, A., Davranche, M., Dia A., and Henin, A. D. (2011) J. Colloid Interface Sci., 359, 75-85

概要

　フミン質が存在することで鉄の酸化にどのような影響が現れるのか、また、生成された鉄酸化物のbioavailabilityにどのような影響が現れるかについて、培養実験によって検証。

　フミン質が存在しないときにはnano-lepidocrociteのマイクロスケールの塊が生成されたが、フミン質が存在する場合には鉄の粒子はナノスケールにとどまり、有機物中に分布していた。また、二価もしくは三価の鉄がフミン質と錯生成していることが観察された。異化的鉄還元細菌(Shewanella putrefaciens)を用いて、有機物コロイドと結びついているナノスケールの鉄粒子と純粋なnano-lepidocrociteのbioavailabilityを比較したところ、コロイドと結びついているものはnano-lepidocrociteの還元速度の8倍の速度で還元された。これらの結果は、天然環境において有機物や有機物コロイドが鉄の動態に重要な寄与を及ぼしていることを示唆する。

　微生物的に生成された鉄酸化物の還元速度に非常に興味があります。DIRBを用いずに無機的に還元したような実験は無いのかな？